中國科學院南海海洋研究所重點研究熱帶邊緣海海洋水圈－地圈－生物圈圈層結構及其相互作用特征與演變規律，探討其對資源形成和環境變化的控制和影響，發展具有南海特色的熱帶海洋資源與環境過程理論體系和應用技術。以生態安全與綠色發展、海-陸-氣相互作用與環境安全、邊緣海與大洋板塊相互作用和島礁工程環境保障為戰略主題，聚焦生態文明和國防安全建設工程，著力突破海洋領域前沿科學問題和關鍵核心技術。重點學科領域：熱帶海洋環境動力與生態過程、邊緣海地質演化與油氣資源、熱帶海洋生物資源可持續利用與生態保護和海洋環境觀測體系及其關鍵技術。
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